Nguyễn Văn Quân, Nguyễn Thị Thu, Chu Thế Cường, Nguyễn Đức Thế, Đàm Đức Tiến, Trần Đức Thạnh, Vũ Duy Vĩnh, Đặng Hoài Nhơn, Nguyễn Đắc Vệ, Đinh Văn Nhân, 2016. Mức độ suy thoái và giải pháp pcuj hồi một số hệ sinh thái đầm phá ven biển Miền Trung. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ. Hà Nội. 380 tr. ISBN 978-604-913-505-4

Lưu Văn Diệu, Cao Thị Thu Trang, Lê Xuân Sinh, Vũ Thị Lựu, Trần Đức Thạnh, 2016. Sức tải môi trường các thủy vực tiêu biểu ven bờ Việt Nam. Nhà xuất bản. Khoa học và Công nghệ, Hà Nội. 355tr. ISBN 978- 604-913-507-1

Trần Đức Thạnh (chủ biên), Bùi Quang Sản, Nguyễn Văn Cấn, Trần Đình Lân, Nguyễn Văn Quân, Lưu Văn Diệu, Nguyễn Thị Thu, Trần Anh Tú, Nguyễn Thị Kim Anh, 2015. Thiên nhiên và môi trường vùng bờ Hải Phòng. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ. Hà Nội. 310 tr. ISBN 978-604-913-396-1. .

Đỗ Công Thung, Chu Văn Thuộc, Nguyễn Đăng Ngải, Đàm Đức Tiến, Nguyễn Thị Thu, Nguyễn Thị Minh Huyền, Nguyễn Văn Quân, Cao Thị Thu Trang, Lê Thị Thúy, Bùi Văn Vượng, 2014. Đa dạng sinh học và tiềm năng bảo tồn quần đảo Trường Sa. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia, Hà Nội. ISBN 978-604-913-200-1. 213 trang.

Tran Dinh Lan, Luc Hens, Cao Thi Thu Trang and Do Thi Thu Huong, 2014. Environmental Management of Sea Ports in Vietnam. Nhà xuất bản. Publishing house for science and technology, Ha Noi. ISBN 9786049132193. 317 trang.

Viện Tài nguyên và Môi trường biển, 2014. Quy trình điều tra khảo sát Tài nguyên và Môi trường biển. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia, Hà Nội. 214 trang Lưu trữ 2015-09-24 tại Wayback Machine.

Nguyễn Văn Tiến, 2013. Nguồn lợi thảm cỏ biển Việt Nam. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia, Hà Nội. ISBN 978-604-913-109-7. 346 trang.

Trần Đức Thạnh, Trần Đình Lân, Nguyễn Thị Minh Huyền, Đinh Văn Huy, Nguyễn Văn Quân, Cao Thị Thu Trang, Trần Anh Tú, 2013. Thiên nhiên và môi trường vùng biển đảo Bạch Long Vĩ. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia, Hà Nội. 275 trang .

Trần Đức Thạnh, Lê Đức An, Nguyễn Hữu Cử, Trần Đình Lân, Nguyễn Văn Quân, Tạ Hòa Phương, 2012. Biển đảo Việt Nam - Tài nguyên vị thế và những kỳ quan Địa chất, sinh thái tiêu biểu. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Hà Nội. ISBN 978-604-913-063-2. 324 trang .

Trần Đức Thạnh, Trần Văn Minh, Cao Thị Thu Trang, Vũ Duy Vĩnh, Trần Anh Tú, 2012. Sức tải môi trường Vịnh Hạ Long – Bái Tử Long. Sức tải môi trường Vịnh Hạ Long - Bái Tử Long. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Hà Nội. 297 trang .

Tran Duc Thanh, Chapter 20: “National coordination of the JSPS coastal marine science program in Vietnam. P.201 -209. in: Shuhei Nushida, Migual D. Fortes & Nobuyuki Miyazaki (editors), 2011. “Coastal Marine Science in Southeast Asia”. Syntheis report of the Core University Program of the Japan Society for the Promotion of Science: Coastal Marine Science (2001 – 2010). Published by TERRAPUB, Tokyo. Japan. P.2001 – 2012.

Trần Đức Thạnh, Nguyễn Hữu Cử, Đỗ Công Thung, Trần Đình Lân, Đinh Văn Huy, Phạm Hoàng Hải, 2011. Định hướng quản lý tổng hợp vùng bờ biển Bắc Bộ. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Hà Nội. 250 trang .

Nguyễn Đức Cự, 2010. Công nghệ xử lý nước bằng hệ thống hoàn lưu khép kín phục vụ sản xuất giống và nuôi trồng hải sản ven bờ Việt Nam. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Hà Nội.

Trần Đức Thạnh, Trần Đình Lân, Nguyễn Hữu Cử và Đinh Văn Huy, 2010. Tiến hoá và động lực hệ đầm phá Tam Giang - Cầu Hai. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Hà Nội. 225 trang .

Nguyễn Đăng Ngải (chủ biên), Hoàng Thị Hà, Đào Huy Giáp, 2008. San hô Vịnh Hạ Long. Nhà xuất bản. Giáo dục. 74 trang.

Nguyễn Nhật Thi, 2008. Cá biển Việt Nam - Bộ cá vược. Nhà xuất bản. Khoa học và Kỹ thuật Hà Nội. 246 trang.

Nguyễn Văn Tiến, Từ Thị Lan Hương, 2008. Phương pháp nghiên cứu cỏ biển (Seagrass Research Methods). Nhà xuất bản. Khoa học và Kỹ thuật Hà Nội. 102 trang.

Trần Đức Thạnh, Nguyễn Hữu Cử, Đỗ Công Thung, Đặng Ngọc Thanh, 2008. Vũng vịnh ven bờ biển Việt Nam và tiềm năng sử dụng. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Hà Nội. 295 trang .Hội đồng Lịch sử thành phố Hải Phòng, 1990. “Địa Chí Hải Phòng”. Tập 1. Nhà xuất bản. Hải Phòng. 248 trang. Trần Đức Thạnh, Chương hai: địa chất (trang 21 – 37), Nguyễn Thanh Sơn, Trần Đức Thạnh và Đinh Văn Huy: Chương ba: Địa hình - Địa mạo (trang 38 – 52).

Nguyễn Hồng Hải, Nguyễn Trung Hán, Ngô Đăng Lợi, Nguyễn Văn Sơn, Trần Đức Thạnh, Nguyễn Hữu Trí, Trịnh Ngọc Viện, 1989. Địa chí quận Hồng Bàng. Nhà xuất bản. Hải Phòng. 168 trang.

Hoàng Anh Hùng, Nguyễn Ngọc Thao, Ngô Đăng Lợi, Trần Đức Thạnh, Đinh Văn Huy, Trần thị Thu Hà, Trịnh Minh Hiên, Trần Quốc Thành, Nguyễn Lệnh Năng, Phạm Xuân Thanh, Đoàn Thị Thu, 2003. Địa chí Thị xã Đồ Sơn.Nhà xuất bản. Hải Phòng. 282 trang.

Trần Đức Thạnh, Bùi Văn Vượng, Vũ Duy Vĩnh, Dương Thanh Nghị, Nguyễn Văn Quân, Trần Văn Phương, Đoàn Trường Sơn, 2015. Phần thứ nhất: Địa lý, địa chất, thủy văn, thực vật - động vật, dân cư, dân số và lao động. Trong: Đoàn Trường Sơn (chủ biên) “Địa chí Thủy Nguyên”. Nhà xuất bản. Hải Phòng. Tr. 13 - 236.

Đỗ Nam, Nguyễn Việt, Trương Đình Hùng, Hoàng Tấn Liên, Nguyễn Văn Hùng, Phùng Đức Vinh, Hà Học Kanh, Trần Đức Thạnh, Phan Văn Hoà, Nguyễn Doanh Anh, Lê Quang Vinh, 2004. Đặc điểm khí hậu – thủy văn Thừa Thiên Huế. Nhà XB Thuận Hoá, Húe. Tr. 1- 156.

Nguyễn Thanh, Lê Văn Thăng, Hà Học Kanh, Nguyễn Khoa Lạnh, Trương Văn Lới, Bùi Văn Nghĩa, Mai Văn Phô, Võ Văn Phú, Lê Đình Phúc, Lê Xuân Tài, Trần Đức Thạnh, Hoàng Đức Triêm, Nguyễn VIệt, 2005. Địa chí Thừa Thiên Huế. Phần Tự nhiên. Nhà xuất bản. Khoa học Xã hội. 307 trang.

Phùng văn Phách (chủ biên), Nguyễn Trọng Tín, Trần Đức Thạnh, Nguyễn Ngọc, Doãn Đình Lâm, Nguyễn Như Trung, Hoàng Văn Long, Nguyễn Thị Đậu, Đinh Văn Huy, Trần Tuấn Dũng, Vũ Văn Chinh, Nguyễn Thanh Sơn, Nguyễn Trung Thành, Phạm Tuấn Huy, Lê Đức Anh, Nguyễn Quang Minh. 2011. Kiến tạo - Địa động lực và tiềm năng dầu khí của bể trầm tích sông Hồng - Vịnh Bắc Bộ. Nhà xuất bản. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ. Hà Nội. 212 trang.

Tran Duc Thanh, TD Lan, PV Luong, 2005. Chapter 12, in: Garris P.G. (ed.):. Eco-politics, foreign policy, and sustainable development. United Nations University Press and Erthscan Publications Ltd. London-Stirling, VA. pp. 183–200. ISBN 92-808-1113-4

Trần Đức Thạnh, 1998. Lịch sử địa chất Vịnh Hạ Long. NXb. Thế giới. Hà Nội. 94 Tr.